Институт Каспий теңізінің экологиялық және су деңгейінің төмендеу мәселелерін, итбалықтар мен балықтардың жаппай қырылу себептерін, Каспий итбалықтарының популяциясын сақтау, ихтиофаунаны, акваториясы мен Каспий жағалауын зерттейтін болады. Сондай-ақ Каспий бойынша шекаралас мемлекеттердегі әріптестермен өзара тығыз іс-қимылды қамтамасыз ету бағытында да жұмыс жүргізеді.
Институт Каспий теңізі экожүйесінің барлық бағыттары бойынша объективті және тәуелсіз ақпарат жинақтайды. Бұл деректер мемлекеттік және жергілікті атқарушы органдардың кешенді іс-шаралар қабылдауы үшін негіз болады. Сонымен қатар, ғылыми ұйым құру Каспийді сақтау жөніндегі халықаралық және ұлттық міндеттемелерді толық көлемде орындауға мүмкіндік береді.
«Мемлекет басшысы кешенді іс-шаралар қабылдау үшін Маңғыстау облысында Каспийді зерттеумен айналысатын мемлекеттік ғылыми институт құруды тапсырды. Институт құру - мәселені жан–жақты зерделеуге, ауқымды міндеттерді шешуге мүмкіндік береді», - деді ҚР Су ресурстары және ирригация министрі Нұржан Нұржігітов.