Агжигит Бекбердиев родился в 1965 году. Трудовую деятельность в налоговых органах начал в 1989 году. В различные годы руководил деятельностью районных налоговых органов Алматы и департамента области.
С 2014 года занимал должность руководителя Управления государственных доходов по Алмалинскому району Алматы, а с 22 октября 2019 году – городской департамент государственных доходов Комитета государственных доходов МФ РК.