Трудовую деятельность Есет Байкен начал в 2008 году в управлении экономики и бюджетного планирования Астаны в должности ведущего специалиста. В разные годы работал главным специалистом отдела социально-культурной сферы аппарата акима Астаны, главным инспектором акима Астаны, руководителем организационно-инспекторского отдела аппарата акима Астаны.
В последние годы занимал должности эксперта Секретариата руководителя Администрации Президента РК, госинспектора Отдела госконтроля и организационно-территориальной работы АП РК, акима Нуринского района Карагандинской области.
Стаж работы на госслужбе составляет более 11 лет. 34-летний Есет Байкен прошел путь от специалиста отдела акимата до руководителя аппарата акима городской администрации.